自助力下，侯元祥案引發網絡輿論爭議。在侯元祥被調查期間，網絡自出現了大量為其“喊冤”的視頻。侯元祥的二審代理律師表示，二審是他的“背水一戰”，而在該案二審能發回重審中起了很大的作用。主流機構的報道均是在二審裁定發回重審之后。在自的助力下，侯元祥被描述為一位被冤判的“治癌神醫”。
侯元祥假藥案一審判決一個多月后，一篇題為《九歲鑫鑫求助：媽媽救治三千多癌癥患者卻被判刑十一年，罰款三千萬》的文章開始在網上傳播。文章稱，侯元祥的兒侯靜用中藥祖傳方治好了很多疑難雜癥，但其所配制的中藥被定為假藥，侯靜一審判刑11年，全家牽連。此文引發了網友們的熱議。
吳鵬飛是一位自人，他在侯元祥假藥案中介，并發布了一條大新聞，稱一位有公安背景的士曾開價一千萬購買侯元祥的治療方，遭到拒絕后威脅要讓侯元祥一家人坐牢。這一說法為侯元祥假藥案的主流網絡輿論。然而，侯元祥的律師表示雖然聽說過這件事，但沒有看到相關證據。
吳鵬飛還在多個平臺上發布了題為《民間中醫冤案》的短視頻，稱侯元祥是“治癌神醫”，并引用了一組數據來證明。他聲稱一家全國民間中醫組織對中國十大治癌名老中醫的療效進行了調查，結果顯示侯元祥是第一名，治好的癌癥患者達到1166人，而第二名僅有11人。然而，律師對這個調查的可靠表示懷疑。
除了自的聲援，還有一些自對侯元祥提出質疑。其中一個自稱侯元祥是一個“制售假藥的騙子”，呼吁公眾冷靜看待此案。然而，該視頻很快被侯元祥的支持者圍攻，吳鵬飛也發布了多個短視頻反駁。
侯元祥的支持者們一片歡騰，認為該案出現了“重大轉機”。然而，一些自也對侯元祥提出了質疑。南京圭石堂中醫館總經理錢輝決定聲援侯元祥。錢輝自己也遭到了類似的指控，他的中醫館被認定為制售假藥，他和其他員工曾被刑事拘留。錢輝表示，他支持侯元祥的原因是他站在保護傳統中醫的角度。
在侯元祥案引發的輿論爭議中，網絡自發揮了重要作用，對案件的審判產生了影響。然而，對于侯元祥的指控，仍然存在爭議，需要經過法律程序的審查和判斷。